Une partie importante de la grotte n'est pas ouverte au public pour des raisons de conservation et parfois de difficulté d'accès.

Sur plus d'un kilomètre de galeries, ont été relevées quelques représentations animales et surtout de très nombreux signes. On peut notamment citer les signes empennés de la galerie profonde que l'on ne retrouve pratiquement nulle part ailleurs et les signes dits "claviformes" typiques du domaine pyrénéen.

Une autre particularité est propre aux Pyrénées : la gravure sur les sols. La grotte de Niaux en contient de nombreuses dont les plus célèbres sont le "bison aux cupules" et "la truite". Ces oeuvres, particulièrement fragiles, ne peuvent être approchées. Aussi, pour les mettre à disposition du public, elles ont été reproduites en fac-similé au Parc de la Préhistoire.

Sur les parois, on doit signaler les remarquables chevaux de "l'abîme Martel", découverts en 1969 par R. Gailli, après avoir traversé un lac et escaladé un important chaos de blocs effondrés.

Distinct de Niaux mais au sein du même système géologique, le Réseau Clastres a livré de très nombreuses empreintes de pieds humains ainsi que cinq représentations animales. Parmi elles, une figuration de belette aujourd'hui tout à fait unique dans l'art pariétal préhistorique. Ce réseau est séparé de la grotte de Niaux par des siphons franchissables seulement en plongée. Resté longtemps inviolé, il garde un fort pouvoir d'émotion comme si les préhistoriques venaient juste de le quitter.