Au moment de la découverte, le Cmdt Molard et ses fils ont repris, pour admirer les dessins les mêmes positions que les artistes, se couchant dans les niches. Ils ont certainement effacé les traces laissées au sol par les magdaléniens.
On ne peut leur en tenir rigueur tout comme à Emile Cartailhac lorsqu'il décida, pour conserver les dessins, les mettant hors de portée des chapeaux, des mains, des flammes de bougie et pour permettre aux visiteurs de voir correctement les oeuvres, de creuser une tranchée qui a complètement transformé l'aspect originel du Salon Noir. Pourtant, ils ont détruit le contexte archéologique et modifié les conditions climatiques qui par leur stabilité avait permis à ces dessins de traverser 13000 ans dans d'excellentes conditions.
Nous savons aujourd'hui qu'il ne faut changer aucun des paramètres d'une grotte pour en assurer la conservation.
Les conditions de conservation de la grotte ont changé dans les années 60 lorsque l'on décida d'exploiter véritablement la grotte à des fins touristiques : construction du parking avec un bulldozer sans campagne de fouilles préalable, mise en place de grilles autour de certains dessins, construction d'un tunnel artificiel d'accès et surtout augmentation du nombre de visites sans limitation du nombre de visiteurs. L'éclairage se faisait au moyen de lampes acétylènes. Certains groupes ont pu avoisiner les 80 personnes dans les années 1970 et l'on pouvait atteindre 15 à 16 visites quotidiennes.
Pourtant, depuis 1963, et la fermeture au public de la grotte de LASCAUX, les études climatologiques des grottes ont montré que pour la conservation des peintures préhistoriques, il est nécessaire de ne pas dépasser certaines limites.
Après une longue période d'insouciance concernant la conservation de Niaux, des études sur le climat de la grotte par le laboratoire souterrain de Moulis ont été mises en place en 1972 .
En 1978, des dégradations importantes furent constatées dans le Salon Noir, résultant de l'augmentation des infiltration d'eau dans cette partie de la grotte.
Une étude menée sur une longue période par le laboratoire souterrain de Moulis et celui de Champ sur Marne a permis de fixer un protocole de visite dans les années 1980. Les groupes sont limités à 20 personnes et doivent respecter un certain intervalle de temps entre eux.
Depuis l'application de ces règles, aucune déstabilisation du climat de la grotte n'a été observée. Cette démarche contraignante permettra, sauf accident, aux générations futures de voir les dessins et d'écarter toute éventualité de fermeture du site.
